L'icône de notification ( Icone  ) de Copernic Desktop Search est située dans la zone de notification de Windows (près de l'horloge). Sa présence indique que, même si sa fenêtre principale est fermée, le logiciel est en marche. Ceci permet à CDS de détecter les nouveaux fichiers et les fichiers modifiés, de même que les messages reçus et envoyés, afin de les indexer en temps réel , c'est à dire dès leur enregistrement sur le disque dur. Le logiciel surveille aussi constamment l'activité du processeur principal afin d'interrompre lorsque nécessaire un processus d'indexation en cours.

Il est possible d'ouvrir la fenêtre principale du programme en double-cliquant sur l'icône. Il est également possible d'afficher une liste de raccourcis en appuyant sur le bouton droit de la souris lorsqu'elle pointe sur l'icône.